Pe lângă noutățile în ceea ce privește funcționalitatea, iTunes 12 va veni și cu o nouă interfață pentru iTunes Store.
Cei de la Apple au ales ca noul design să fie unul„plat”, asemănător cu cel pe care îl găsim în iOS 7 și iOS 8. De altfel prima pagină împrumută o bună parte din elementele grafice de pe sistemul de operare al acestora.
Paginile individuale, precum cele pentru albume, show-uri TV și aplicații iOS, au fost de asemenea regândite. Au fost modificate butoanele de descărcare, cele pentru accesarea categoriilor ș.a.m.d. Au fost eliminate umbrele și anumite texturi, conținutul fiind pus acum direct pe un fundal alb sau gri închis.
Sunt deasemenea prezente anumite opțiuni noi. De exemplu în App Store și Podcast Store pot fi aplicate rapid anumite filtre care permit utilizatorilor să schimbe între diferitele tipuri de conținut. Acest lucru este unul util, deoarece, de exemplu, în App Store ne permite să schimbăm între aplicațiile disponibile pentru iPhone și cele pentru iPad.